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代谢紊乱包括葡萄糖，碳水化合物和脂肪的异常以及矿物质代谢，包括肥胖和骨质疏松症，所有这些都可能具有中枢，外周和遗传原因。最常见的内分泌疾病是糖尿病，其可归因于胰岛素缺乏（I型），胰岛素抵抗（II型）或妊娠糖尿病。甲状腺疾病包括甲状腺毒症，甲状腺功能减退症和甲状腺肿，包括甲状腺结节和甲状腺癌。垂体腺疾病包括诸如肢端肥大症，库欣氏病，催乳素瘤和垂体功能减退症的疾病，包括生长激素缺乏和矮身材，不育症，尿崩症，Rathke's囊肿和颅咽管瘤。肾上腺功能障碍包括阿狄森氏病，先天性肾上腺增生，康恩综合征，嗜铬细胞瘤和肾上腺肿瘤，可以是功能亢进，无功能，良性或恶性。卵巢和睾丸的性腺疾病包括PCOS，卵巢早衰和雄性更年期和性腺机能减退/睾酮缺乏。骨矿物质代谢的亚专业兴趣包括骨质疏松症和其他不常见的骨骼疾病，如骨软化症和纤维发育不良。矿物质和电解质代谢紊乱还包括高钙血症，低钙血症，甲状旁腺功能亢进和维生素D缺乏以及低盐，钠，钾，镁和磷酸盐水平。